Më 27 korrik 1919 Fan Noli u emërua peshkop i Kishës Ortodokse Shqiptare në Amerikë, që tashmë ishte dioqezë e pavarur. Një vit më pas, duke pasur parasysh rritjen e figurës së Nolit si udhëheqës politik e fetar i bashkësisë shqiptare, si shkrimtar dhe si historian shqiptar u zgjodh kryetar i delegacionit shqiptar në Lidhjen e Kombeve në Gjenevë.

Komuniteti i parë ortodoks që përdori gjuhën shqipe në liturgji ishte ai i Bostonit, SHBA, në vitin 1908 në mesin e një grupi të emigrantëve shqiptar i kryesuar nga Fan Noli.

Noli kishte përgatitur përkthimin e vet të liturgjisë në gjuhën shqipe, dhe e përdori atë edhe gjatë një turneu në disa qytete të mëdha të Evropës në 1911.

Gazeta “The Manchester Guardian”, në një koment më 23 korrik 1924, e përshkruante Nolin si një burrë që do të kishte qenë i shquar në çdo vend. Diplomat i përkryer, ekspert i politikës ndërkombëtare, mjeshtër i debatit, që prej fillimit ai la mbresa të thella në Gjenevë.

Me shumë mjeshtëri, por gjithmonë me buzë në gaz, ai i vuri me shpatulla pas murit të gjithë kundërshtarët e tij ballkanas.

Në zgjedhjet e mbajtura më 5 prill 1921 zgjidhet deputet i Kolonisë së Amerikës në legjislaturën e dytë (21 prill 1921 – 30 shtator 1923). Ai shërbeu si ministër i Jashtëm në qeverinë e Xhaferr Ypit, vetëm për pak kohë përpara se të dorëhiqej. Noli ishte kryetar i Partisë Popullore, e majta e asaj kohe, kundrejt Partisë Përparimtare.

Përkrah Luigj Gurakuqit dhe Stavro Vinjaut është ndër oratorët më shpotitës të foltores parlamentare.

Më 21 nëntor 1923, u shugurua peshkop i Korçës dhe mitropolit i Durrësit në Durrës, ndërsa më 27 dhjetor 1923 zgjidhet deputet i Korçës.

Më 16 qershor 1924 ai do të bëhej kryeministër i Shqipërisë, post që do ta mbante deri më 23 dhjetor 1924, ku do të pasohej nga Ahmet Zogu.